Bei Autoimmunkrankheiten funktioniert das Abwehrsystem (Immunsystem) nicht mehr. Es unterscheidet nicht zwischen fremden Eindringlingen wie etwa Viren und Bakterien und bestimmten körpereigenen Geweben oder Zellen. So greifen beim Diabetes Typ 1 sogenannte Autoantikörper des Immunsystems Insulin-produzierende Zellen der Bauchspeicheldrüse (Inselzellen) an und zerstören sie.
Wie es zu dieser Fehlprogrammierung kommt, ist bis heute noch nicht genau geklärt. Mögliche Ursachen wären Virusinfekte, Medikamente oder eine immunologische Sondersituationen (z.B. eine Schwangerschaft). In einigen Familien treten Autoimmunerkrankungen gehäuft auf. Es gibt bisher aber keine Beweise, dass sie direkt vererbt werden. Wahrscheinlicher ist es, dass eine Veranlagung weitergegeben wird.
Forscher vermuten im Fall von Diabetes Typ 1, dass genetische Faktoren eine große Rolle spielen. Über 90% der Erkrankten haben bestimmte Oberflächenstrukturen (HLA-DR-3 und DR-4) auf ihren weißen Blutkörperchen und weisen bestimmte Autoantikörper (IAA, GADA und Ia-2A) auf. Auch Virusinfektionen stehen mit im Verdacht, diese Krankheit auszulösen.
Zu den Autoimmunerkrankungen zählen etwa Multiple Sklerose, rheumatoide Arthritis, Schuppenflechte (Psoriasis) oder Zöliakie (Glutenunverträglichkeit).